運動神經元疾病的發病原因目前還沒有完全清楚，因此臨床上的治療也主要是對癥治療。如果肌肉出現了痙攣，可以注射一些地西泮，也就是安定，平時可以對患肢進行按摩，口服維生素B和維生素E，肌注輔酶，也可以嘗試一些如促甲狀腺激素釋放素、睪酮、干擾素等，但這些藥物的療效還沒有得到臨床的肯定。如果出現呼吸肌麻痹，可以使用呼吸機輔助呼吸，對于吞咽困難者，可以鼻飼。大部分的治療難以針對病因，因此效果有限，對于抵抗力比較低下的患者，要注意防治肺部的感染。