在結石治療中，肝內膽管結石的治療是比較有難度的，不容易進行排石可體內溶石又有困難，一般病癥比較輕的，結石偏小的可以先口服利膽祛濕的中草藥或者口服利膽排石湯，盡量讓小結石和泥沙樣的結石在藥物作用下能夠排出體外，并防止新結石再次產生。目前多數膽管結石病人在手術治療后有較好的效果。手術主要是分為微創和開放性兩種，具體的需要根據病情有醫生決定。