腸閉鎖常并發其他畸形，如先天性肛門閉鎖，先天性食管閉鎖，先天性心臟病、尿道下裂等。閉鎖近端腸管因長期梗阻而擴張，直徑可達3～5cm，腸壁肥厚，也可發生局部貧血、壞死、穿孔。腸閉鎖患兒小腸的長度較正常新生兒明顯縮短，一般長 100～150cm，正常兒為250～300cm。
北京兒童醫院曾見到7例腸閉鎖，切除標本的腸腔內呈腸套疊改變，并多次見到腸閉鎖合并腹腔內粘連及散在鈣化灶的病例。
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