(一) 骨結核 長骨骨端結核有中心型及邊緣型，X線示骨質破壞。可形成寒性膿瘍。并潰破。
(二) 軟骨肉瘤 最易與之混淆。軟骨肉瘤多發于成年，青少年少見。可原發或繼發于軟骨瘤。病變為軟骨組織，腫瘤細胞位軟骨陷窩中，核分裂多見，可有巨軟骨細胞。
(三) 內生軟骨瘤 多見于手足短骨內，偶在長骨及骨干。X線顯示有致密鈣化灶，此易與成骨細胞瘤混淆，在成人多見。病理為成熟的軟骨組織，軟骨細胞稀疏，核小且一致。
(四) 成軟骨細胞瘤與軟骨粘液樣纖維瘤如同時存在于同一腫瘤內，則不易區分。
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