本病應與扁平苔蘚、白色海綿狀痣、先天性角化不良癥、先天性厚甲癥等相鑒別。
1.口腔扁平苔蘚 白斑多見于上下唇及頰部齒咬合部，常呈網狀或花紋狀排列，周圍可有散在性的紫紅色多角形丘疹，而黏膜白斑病則缺如，此外，身體處常見有扁平苔蘚皮損。組織學上上皮細胞無不典型增生，基底細胞液化變性，真皮上部有以淋巴細胞為主的致密帶狀浸潤。
2.黏膜白色海綿痣 是一種遺傳性疾病，較罕見。好發于嬰兒，少數發生于青春期，至青春期達于極點。病變累及整個口腔黏膜，白色或灰白色損害，呈海綿狀。如發生于40歲以下的患者，病變僅局限于部分口腔黏膜。
3.梅毒性黏膜白斑 色乳白，周圍有暗紅色浸潤，白斑表面漿液涂片可查見梅毒螺旋體。身體他處可有其他梅毒癥狀，梅毒血清反應陽性。
4.白色念珠菌病 多發生于兒童。白膜周圍有炎癥，取白膜涂片鏡檢可發現假菌絲及孢子。
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