對于脫肛的病因，目前有兩種學術的觀點。一種直腸粘膜脫垂說法是滑動性疝學說。另一種直腸粘膜脫垂的說法是腸套疊學說。
專家介紹說，直腸粘膜脫垂的病因主要是和胃竇部炎癥有關系的，胃粘膜惡性細胞浸潤也可發生本病。當胃竇部炎癥時，粘膜下結締組織較松，胃粘膜和粘膜下層增生，如胃竇蠕動增強，則粘膜皺襞很易被送入幽門，形成胃粘膜脫垂。一切能引起胃劇烈蠕動的因素，如精神緊張、煙酒、咖啡刺激等均為直腸粘膜脫垂的病因。下面就詳細的介紹下直腸脫垂的病因的二種學術觀點。
其一，滑動性疝學說。認為病人的直腸與子宮(男性為膀胱)之間所形成的凹陷過深，當腹內的壓力增加時，直腸前壁承受不了這種壓力，就會向直腸壺腹部內陷，長期如此，直腸就會向肛門外脫出，形成一個起始于直腸子宮(或膀胱)的凹陷，脫出在肛門外的直腸由直腸前壁構成疝囊，這種脫出主要是直腸前壁，能形成嚴重的直腸脫垂。
其二，腸套疊學說。認為直腸脫垂是因為直腸與乙狀結腸之間的固定處，由于某種原因受了損傷，在腹內壓力持續增加時，上部直腸與部分乙狀結腸就會從這個固定處向下部直腸壺腹套疊，直到脫出肛門外，形成直腸前壁和后壁長度相等，腸腔位于中央的直腸脫垂。
長期以來，對于直腸粘膜脫垂的形成機制存在著爭論。有專家認為滑動性疝學說和腸套疊學說兩者基本上是一回事只不過是程度上的不同，滑動性疝型也可以說是一種腸套疊，只是未影響到整圈腸壁。
