血管本身的病變和血流灌注不足是引起大多數急性腸系膜上動脈梗死的兩個主要因素，其次是細菌感染。在原有廣泛動脈硬化基礎上，亦可發生在夾層動脈瘤、系統性紅斑狼瘡、長期口服避孕藥或血液高凝狀態基礎上，造成急性腸系膜上動脈缺血、血栓形成或栓塞。
1、血管疾病主要是動脈粥樣硬化、動脈栓塞或血栓形成。此外多發性結節性動脈炎、類風濕性關節炎、糖尿病等疾病也同時并發小血管的動脈炎。病變常累及腸系膜上動脈的主干及其分支，有時發生在小動脈，在腸系膜上動脈最易發生于腹主動脈開口的2cm以內。腸系膜上動脈自腹主動脈斜行分出，體循環中的栓子極易進入該動脈形成栓塞。
2、血流灌注不足動脈硬化病人血管腔狹窄時，雖然血液供應尚可維持腸管的正常活動。但儲備能力已降低，任何原因的血壓下降均有可能導致血供不足，發生梗死，特別是患者伴有夾層動脈瘤、系統性紅斑狼瘡等疾病時更易發生。
3、細菌與細菌毒素正常情況下腸道內菌群保持動態平衡，腸道缺血，腸壁防御能力減低時，細菌即侵犯腸壁，可引起假膜性腸炎、手術后腸炎、急性壞死性腸炎、急性出血性腸炎等。動物實驗表明，腸缺血后，如加用抗生素，發生休克的比率下降。
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