肛門直腸畸形的發生是胚胎發育發生障礙的結果。引起肛門直腸發育障礙的原因尚不清楚，近年來許多學者認為與遺傳因素有關。根據文獻報道，肛門直腸畸形有家族發病史者在1%以下。佐伯守洋報道的350例肛門直腸畸形中，有3例家族同胞兄弟患同一疾病。Van Gelder報道在一個家族中，兄弟姐妹4人均患此病，第1子為肛門狹窄，第2子為直腸尿道瘺，兩個女兒均為直腸陰道瘺。矢野博道等收集29篇文獻中有34個家族發病，與遺傳有關者19組，16組為常染色體隱性或顯性遺傳，3組為伴性隱性遺傳，其中雙胎和三胎者13組，占1/3。也有人認為肛門直腸畸形病兒的同胞中發生該畸形的可能性為25%。
肛門直腸畸形的發生和其他畸形的發生一樣可能與妊娠期，特別是妊娠早期(4～12周)受病毒感染、化學物質、環境及營養等因素的作用有關。胚胎期發生發育障礙的時間越早，所致畸形的位置越高，越復雜。
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