一般甲溝炎需要使用到廣譜抗菌藥物治療，用藥兩天沒有改善就需要手術治療。有些患者感染的比較深也需要手術進行治療。不嚴重可以使用抗真菌藥物，同時使用激素類藥物進行控制。甲溝炎治療方法的選擇跟病情有關，在患上這種疾病之后，最好是到醫院讓醫生看一下，然后在醫生的指導下采取合適的方法治療。急性甲溝炎應盡快采取有效治療，防止出現甲床損傷。可選擇抗菌譜能覆蓋需氧菌和厭氧菌的廣譜抗菌藥物治療。若48小時癥狀未見改善，應采取外科治療。慢性甲溝炎根據需要給予抗真菌藥物或抗菌藥物治療，治療需持續至炎癥消退、甲小皮重建并粘附在甲板上，常需3個月以上。急性甲溝炎當感染淺表且局限時，可進行切開引流。若感染深在，在局麻下，將甲板近端1/3掀起并在近端甲皺襞下放置引流條引流分泌物。由嵌甲繼發的慢性甲溝炎只需將甲板拔除即可。