AS可侵犯全身多個系統，并發多種疾病：
以主動脈瓣病變較為常見，據尸檢發同約25%AS病例有主動脈根部病變，心臟受累在臨床上可無癥狀，亦可有明顯表現。臨床有不同程度主動脈瓣關閉不全者約1%;約8%發生心臟傳導阻滯，可與主動脈瓣關閉不全同時存在單獨發生，嚴重者因完全性房室傳導阻滯而發生阿一斯綜合征。當病變累及冠狀動脈口時可發生心絞前。少數發生主動脈瘤、心包炎和心肌炎。合并心臟病的AS病人，一般年齡較大，病史較長，脊柱炎及外周關節病變較多，全身癥狀較明顯。Gould等檢查21例AS病人心功能，發現AS病人的心功能明顯低于對照組。
25%的AS伴有結膜炎、虹膜炎、眼色素層炎或葡萄膜炎，后者偶可并發自發性眼前房出血。虹膜炎易復發，病情越長發生率愈高，但與脊柱炎的嚴重程度無關，有周圍關節病者常見，少數可先于關節炎癥發生。眼部疾病常為自限性，有時需用皮質激素治療，有的未經恰當治療可致青光眼或失明。
Gamilleri等報道42例AS病人中1/2例(29%)發生慢性中耳炎，為正常對照的4倍，而且，在發生慢性中耳炎的AS病人中，其關節外明顯多于無慢性中耳炎的AS病人。
少數AS病人后期可并發上肺纖維化病變，表現為咳痰、氣喘、甚至咯血，并可能伴有反復發作的肺炎或胸膜炎。X線檢查顯示雙側肺上葉彌漫性纖維化，可有囊腫形成與實質破壞，類似結核，需加以鑒別。
由于脊柱強直及骨質疏松，易使頸椎脫位和發生脊柱骨折，而引起脊髓壓迫癥；如發生椎間盤炎則引起劇烈疼痛；AS后期可侵犯馬尾，發生馬尾綜合征，而導致下肢或臀部神經根性疼痛；骶神經分布區感染喪失，跟腱反射減弱及膀胱和直腸等運動功能障礙。
腸淀粉樣變為AS少見的并發癥。有報道35例AS中，常規直腸粘膜活檢發現3例有淀粉樣蛋白的沉積，大多沒有特殊臨床表現。
與RA相比，AS極少發生腎功能損害，但有發生IgA型腎病的報告。AS并發慢性前列腺炎較對照組增高，其意義不明。
