大多數亞急性和慢性感染的病人起病隱襲，呈進行性發展，急性期以急性或亞急性起病者，大多數2周內癥狀達到高峰。主要是腦部受損征象，一般具有彌漫性腦損害的癥狀及體征，有的病例可有局灶性病變的臨床表現。智能障礙明顯且進展為癡呆。
1.前驅癥狀 部分病例在發病前，有上呼吸道感染或消化道癥狀，如頭痛、微熱或中度發熱，部分病例體溫正常。還可有惡心、嘔吐、腹瀉等。
2.精神障礙 出現率可達81%。出現在病期的各個時期，甚至于構成本病的主要臨床癥狀。以精神障礙起病的，往往與疾病高峰時的表現基本相似而程度較輕。以精神障礙為首發癥狀者，常被誤診為精神病，因此正確識別腦炎的癥狀實為必要。
(1)意識障礙：最多見，國內報道達90%。有的為首發癥狀，也可出現在其他精神癥狀之后。部分病例的意識始終是清晰的。意識障礙以嗜睡、朦朧、混濁、譫妄、錯亂狀態較多，隨著病情的加重，可有昏迷。意識障礙在早期多呈波動性，一天之中時輕時重，病情加重時，意識障礙加深并呈持續性。
(2)精神分裂樣癥狀：自言自語、聯想障礙、情緒不穩、傷人毀物等精神運動性興奮。有些病人精神活動減退，情感淡漠、反應遲鈍、懶散、言語及活動減少甚至緘默不語、拒食，還可有重復及刻板言語、違拗等，呈亞木僵或木僵狀態，其中有的經過1～2天運動興奮進入木僵。有的則以木僵狀態起病，后來發展成運動性興奮，類似精神分裂癥緊張型。而言語運動興奮又類似精神分裂癥青春型。有的幻覺妄想狀態，幻覺以幻聽為主，個別病人內容固定、持久，甚至遷延很久。還可有不固定的關系妄想、被害妄想、疑病妄想等類似精神分裂癥妄想型。個別病例的亞木僵、木僵狀態呈周期性發作。
(3)智能障礙：輕度記憶障礙、注意力渙散、錯構、虛構、甚至嚴重的癡呆狀態。部分病例記憶障礙非常突出，而且遷延較久，近記憶和機械記憶受累尤重。有人認為記憶障礙為單純皰疹腦炎的特征之一。
3.軀體及神經系統癥狀及體征 神經系統癥狀可與前驅癥狀同時發生或間隔數天，或緊接著前驅癥狀出現。
腦神經損害可見中樞性面癱，視盤水腫，以及其他腦神經損害的癥狀。
運動功能障礙中，約有半數病人以癲癇發作起病，其中以大發作最多見，其次為局灶性發作和肌痙攣發作。有的病人可有多種類型發作，發生率為27%～86%。癱瘓以偏癱最多見。肌張力改變的發生率達40%～70%，多為錐體外系的，肌張力增高有易變的特點，時隱時現，時而上肢，時而下肢。腱反射亢進，少數為減弱。病理反射的檢出率達50%～80%，多為雙側性，部分病人掌頦反射和吸吮反射陽性。在疾病進展期，常出現不隨意運動。
腦膜刺激征約占30%～60%，大多數屬于輕度或中度，病人表現頸部稍有抵抗或凱爾尼格征陽性。
自主神經功能障礙，出汗增多是本病特征性表現之一。病人經常汗如雨下，即使在寒冬也大汗淋漓。多汗約占20%左右，有的報道高達86%。出汗增加提示下丘腦受損，而且病情較重。其他有唾液分泌增多、顏面潮紅、顏面油脂增多。國內報道大小便失禁較突出，尤以尿失禁更為常見，占30%～89%，且為早期癥狀之一。臨床上尿失禁常提示是病毒感染伴發的腦炎實質受損征象。有些病人由于意識障礙而不能控制大小便，但有些病人意識清晰，依然出現小便失禁，這屬于排尿功能障礙。故推論其病變可能影響了旁中央小葉。少數可表現為尿潴留。
兒童病例亦為散發，無明顯季節性。病前1～2周，可有上呼吸道感染和消化道癥狀。以昏迷、抽搐突然起病者多見。主要癥狀為意識障礙、抽搐、癲癇、尿失禁、多汗、腦顱神經損害、肢體癱瘓、不自主運動、共濟失調、病理反射陽性、腦膜刺激征陽性。有報道兒童病毒性腦炎時，全腦損害癥狀如意識障礙、抽搐或癲癇，陽性病理反射及腦膜刺激征等甚為突出。
急性單純皰疹病毒腦炎(HSE)是一種最常見的散發的急性致死性腦炎，據報道可占病毒性腦炎的10%，而且在壞死性腦炎中占20%～75%，被認為是重癥病毒性腦炎的主要原因。單純皰疹病毒腦炎分為Ⅰ型和Ⅱ型，Ⅱ型多由生殖器黏膜感染，以嬰兒多見，引起皮膚皰疹和腦炎。Ⅰ型則從口腔黏膜感染，通過嗅神經和三叉神經進入腦內，病變以顳葉和額葉為重，此型以成人為多。
1.急性或亞急性起病，病前1～2周有感染癥狀或明確的病前感染史，如有呼吸道或胃腸道感染史。
2.在運動興奮或運動抑制的同時，伴有不同程度的意識障礙，可隨疾病的進展而逐漸加深。
3.不同病期的精神癥狀及神經系統體征，特別是肌張力增高等錐體外系體征及多汗、小便失禁。臨床上顯示似病毒感染所致腦炎實質受損征象。
4.腦脊液壓力及白細胞和蛋白質輕度升高或正常。但查不到細菌(包括結核桿菌等)感染的證據。
5.EEG有彌漫性異常(有些可局灶化)。
6.血清抗體滴度IgG明顯增高(特別是恢復期比急性期高4倍以上)。
7.腦脊液查到病毒抗原或特異性抗體。
部分以精神障礙為首發或主要癥狀的病毒性腦炎，其神經系統體征，如錐體束征或腱反射的改變，大多在精神癥狀之后出現，而且不一定恒定存在，體征的部位及性質亦可改變，因此，必須反復仔細地檢查才能確定。有些病例在整個病程中始終都以精神癥狀為主，沒有意識障礙及神經系統體征，確診主要在于對器質性精神癥狀的重視。因此，本病的診斷應全面考慮，綜合分析。早期不能確診者，應進行隨診觀察，以免延誤治療。
單純皰疹腦炎是一種最常見的病毒性腦炎，發病年齡多在30歲以上，以秋季發生多見，在早期即出現明顯的精神異常者極為多見，這與其多累及額葉、顳葉有關。出現意識障礙的亦明顯多且癥狀嚴重，出現肢體癱瘓的也相對地多。
腦脊液中細胞、蛋白增多相當明顯，有的可見紅細胞。腦電圖多見廣泛性異常、可能與意識障礙嚴重有關。頭部CT異常亦多見，主要為額顳葉低密度區，少數低密度區內有點片狀高密度影，是腦實質壞死出血的表現。進行診斷時應綜合分析、全面考慮，如果早期一時不能確診，應進行隨診觀察。
