傳統上農民肺可分為急性、亞急性和慢性三型。亞急性型多為急性延遲、發展而來，癥狀較重，易于誤診。但由于難以界定其時間和臨床表現，且很少見，一般不必列入常規分型。
急性型：當吸入大量的嗜熱放線菌孢子后約4～8h內發病，起病急驟，畏寒、高熱、汗多、全身不適、食欲不振、惡心、頭痛、胸悶、氣短、干咳或少量黏液痰。此時極易被診斷為“感冒”，但上呼吸道癥狀不明顯。大約有10%的患者可出現哮喘樣發作、皮膚瘙癢和黏膜水腫等I型(速發型)變態反應癥狀。體檢時可見呼吸急促，甚至缺氧。雙下肺可能聞及少量濕啰音和捻發音，偶聞哮鳴音，心率加快等。脫離抗原接觸后上述癥狀可在一天或數天內消失，有自愈趨勢。如再接觸抗原時可再發病。
慢性型：反復接觸大量抗原者病情長期不愈。臨床可見咳嗽、咳痰、呼吸困難、缺氧發紺、極度乏力。繼發感染者可發燒、多汗，此時極易誤診為“慢性支氣管炎”。體檢可有肺間質纖維化體征或兩肺散在濕啰音。
急性期農民肺診斷：①接觸嗜熱放線菌孢子后數小時內發病是其特征(但多誤認為系“感冒”)，如有典型的癥狀、體征反復發作(可認為是自然激發試驗)，即可診斷，必要時行輔助檢查;②相應的X線胸片表現;③肺功能檢查;④血清免疫學檢查特異抗體陽性，特別是特異的免疫復合物陽性更有診斷價值。
慢性型患者常因癥狀遷延不愈，在其急性發作時臨床表現又不典型而誤診。故必要時應行血清免疫學檢查，甚至行肺活組織檢查，結合臨床綜合判斷。此時胸片上的改變已難消失，肺功能減退也明顯，診斷不太困難。
