解剖所指的賁門通常位于食道下端的管狀食管交界處,這屬于食道與囊狀胃壁交界處,基本上在食道的下括約肌下緣,與食道相連。正常情況下位于第11胸椎體左側、7肋的軟骨后方,距腹前壁大約10cm,與中切牙相距40cm左右。根據食道的賁門區劃分為壺腹段、切跡段、賁門段、球門部、球門部等。
食道和胃部的過渡在人體內部是很難確定的。由于胃黏膜向腹部延伸的程度不同,一般形成“Z”字形鱗狀上皮與柱狀上皮相結合的位置,“Z”線屬于食道上皮。隨后通過組織學檢查和內鏡觀察,這一部位通常被認為是胃-食管的連接緣,下一步就是賁門在哪里。賁門常被用作胃和食道的邊界。食道腹部在下降時會急轉到左、賁門相。食道右跟胃小彎會持續,而左緣與胃大彎連續不斷。解剖學上并不存在與賁門相關的特殊括約肌。通常來說,賁門區分為以下幾個部分。首先壺腹段:這屬于食道的下段梭形(囊狀)擴張的部分。通常吞咽鋇劑后會立即透視或進行影像檢查,在食管下端和胃食管的前庭上方可以看到由于食道的裂孔收縮而形成暫時的囊狀擴張,這種情況稱為膈壺腹。壺腹部為獨立的功能單元,可擴張和收縮,膨大似壺腹狀為其主要形態特征,其功能形態變化與上段食道及切跡段食管的松緊不同,一般各段之間會形成明顯的交界。壺腹部仍有大小和形態差異,屬于復發性食管炎的好發部位。胃懸吊纖維肌束引起壓痕的部分食道,通常在隔下和隔食管裂孔內,由食管賁門切跡和切跡段組成。門:一般閉合時為點狀,打開時呈面狀,一般會呈現為弧形、半圓形、半橢圓形,另外近地壁在吞鋇時象瀑布一般。賁門星:屬于賁門星的周圍黏膜區,屬于賁門星。