該病大多可找到病因，如遺傳代謝病、腦發育異常、神經皮膚綜合征或其他原因引起的腦損傷。
1、結節性硬化癥(TuBEroussclerosis)：結節性硬化癥病患中，有四成會表現出嬰兒點頭痙攣；反之，嬰兒點頭痙攣的病患中，有百分之四至二十五可診斷為結節性硬化癥。這是發生率三萬分之一的自體愿性遺傳疾病，腦部會有結節，幼兒時皮膚易有白斑，四到六歲時就有類似青春痘的表現，很容易合并智能障礙。當寶寶有嬰兒點頭痙攣合并皮膚病變時，要做腦部電腦斷層攝影或核磁共振檢查，確定是否為結節性硬化癥。
2、aicardi癥候群(aicardi’ssynDRome)：女性，數月大時就開始抽筋，并且很難用抗癲癇藥物控制。腦部影像檢查可以發現缺乏大腦胼胝體。
3、百日咳疫苗：有人認為施打百日咳預防針，可能會使某些寶寶產生嬰兒點頭痙攣。擔心的爸媽也可以選擇新型的非細胞百日咳疫苗，以減少預防針可能帶來的副作用。
4、其它原因：產前與生產過程中有缺氧—缺血性腦病變，產傷是嬰兒期癥狀性癲癇的常見病因。先天性感染、遺傳性代謝異常、中樞神經系統感染與頭部外傷、水腦、小腦癥、腦裂畸形、唐氏癥、結節性硬化癥、Aicardi癥候群、腦膜腦炎，細菌性腦莫炎、腦膿腫、病毒性腦炎，以及寄生蟲病、顱內出血、粒腺體疾病、退化性疾病、楓糖漿尿癥等代謝性疾病、染色體畸形、先天性腦積水、胼胝體發育不全、腦皮質發育不全、高熱驚厥、缺乏各種微量元素鈣等、維生素B6缺乏癥等均可導致發作。
